Intel(R) Xeon Phi(TM) Coprocessor

面向英特尔® 至强融核™ 协处理器的 BLAST

目的

本代码介绍了如何获取、构建和使用 BLAST+ 代码,该代码支持英特尔® 集成众核 (MIC) 架构以及英特尔® 至强融核™ 协处理器。

简介

NCBI BLAST 算法及其相关应用套件目前广泛应用于生物信息学领域。 BLAST 通过对齐长度为 n 的核苷酸或蛋白质查询序列与长度为 m 的目标序列,寻找两者之间的相似性。 NCBI BLAST 应用套件提供两种 DNA 序列匹配搜索应用:基于核苷酸 (blastn-type) 和基于蛋白质 (blastp-type)。 本文发布时,最新的 BLAST 版本为 30。

BLAST 采用启发法排除查询-主题搜索区域。 该启发法基于播种(启动匹配),然后围绕种子扩大匹配范围的概念,因此可降低从 O(n*m) 到 O(n+m) 的计算成本。  

BLAST 的运行时可划分为三个阶段:

a. 初步搜索:从最小匹配(播种)开始,然后在无间断和允许间断的情况下双向扩展匹配

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  • Intel(R) Xeon Phi(TM) Coprocessor
  • BLAST
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  • Intel(R) Xeon(R) processors
  • Bioinformatics
  • Intel® Many Integrated Core Architecture
  • BLAST for the Intel® Xeon Phi™ Coprocessor

    Purpose

    This code recipe describes how to get, build, and use the BLAST+ code that includes support for the Intel® Xeon Phi™ coprocessor with Intel® Many-Integrated Core (MIC) architecture.

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  • Intel® Many Integrated Core Architecture
  • pyMIC: A Python Offload Module for the Intel(R) Xeon Phi(TM) Coprocessor

    Python has gained a lot of attention by the high performance computing community as an easy-to-use, elegant scripting language for rapid prototyping and development of flexible software. At the same time, there is an ever-growing need for more compute power to satisfy the demand for higher accuracy simulation or more detailed modeling. The Intel(R) Xeon Phi(TM) coprocessor strives to provide additional compute power for floating-point intensive codes, while maintaining the programmability of the traditional Intel(R) Xeon(R) platform.

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  • Server
  • Python*
  • Intel(R) Xeon Phi(TM) Coprocessor
  • Intel® Many Integrated Core Architecture
  • HBM for the Intel® Xeon Phi™ Coprocessor

    Purpose

    This article provides instructions for code access, build, and run directions for the Baffin-Bay test cases for the HBM code, running on Intel® Xeon® processors and Intel® Xeon Phi™ Coprocessors.

    Introduction

    Danish Meteorological Institute (DMI) operates a regional 3D ocean model HBM for the North Sea - Baltic, in order to provide information about the physical state of the Danish and nearby waters in the near future.

  • Developers
  • Linux*
  • Server
  • Intel® MPI Library
  • Danish Meteorological Institute
  • Intel(R) Xeon Phi(TM) Coprocessor
  • Intel® Many Integrated Core Architecture
  • 面向英特尔® 至强融核™ 协处理器的 HBM

    目的

    本文可为针对英特尔® 至强™ 处理器和英特尔® 至强融核™ 协处理器上运行的 HBM 代码而执行的 Baffin-Bay 测试案例提供代码访问、构建和运行说明。

    简介

    丹麦气象研究所 (DMI) 针对北波罗的海实施了一款区域 3D 海洋模型 HBM,以提供丹麦及附近海域近期的物理状态信息。

    HBM 代码起源于 BSHcmod 海洋循环模型,最初该代码是 20 世纪 90 年代由位于德国汉堡的 Bundesamt für Seeschifffahrt und Hydrographie (BSH) 开发, DMI 中保留了模型代码中的一个分支并对其进行了改进。 DMI、BSH、FMI(芬兰气象研究所)和 MSI(爱沙尼亚海洋系统研究所)联合对 DMI 部署进行了全面地改进。

    HBM 代码最初来自 2009 年 DMIcmod 库的快照 (snap-shot)。 目前的代码部署相当于完全重新编写,与最初的 BSHcmod 差异较大,而且其尝试将模型代码开发并入一个通用项目,希望能够联合波罗的海区域所有有经验的模型设计师之力。 该模型代码项目的名称是 HBM — HIROMB-BOOS {波罗的海海洋操作系统} 模型。

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