Recettes de code pour le coprocesseur Intel® Xeon Phi™

Cette page contient un recueil croissant de codes communément accessibles ou téléchargeables pouvant être exécutés sur les coprocesseurs Intel® Xeon Phi™.

Si vous avez réalisé une promotion en amont d’un code communautaire, veuillez publier un thème de discussion sur le forum Intel® Many Integrated Core Architecture afin de nous le faire savoir, pour que nous puissions mettre la liste à jour.

Dernières modifications :

4/2/2015 – Ajout d’une recette Embree
22/1/2015 – Ajout d’une recette miniGhost
20/1/2015 – Ajout d’une recette de l’algorithme NCBI BLAST
14/10/2014 – Ajout de recettes pour la formule Black-Scholes-Merton, HBM, Monte Carlo European Option avec nombres aléatoires générés préalablement
18/9/2014 – Ajout d’une recette NWChem
5/9/2014 – Mise à jour de la recette LAMMPS* pour coprocesseur Intel® Xeon Phi™
23/8/2014 – Ajout d’une recette BWA*
21/8/2014 – Ajout d’une recette Amber 14
3/7/2014 – Ajout d’une recette de NOAA NIM avec prise en charge pour coprocesseur Intel® Xeon Phi™
30/6/2014 – Ajout de recette pour le tarif Monte Carlo European Option avec Interface RNG pour coprocesseur Intel® Xeon Phi™
23/6/2014 – Ajout d’une recette NAMD
4/6/2014 – Ajout d’une recette Quantum ESPRESSO* pour coprocesseur Intel® Xeon Phi™
22/5/2014 – Ajout d’une recette de Mathworks* MATLAB
22/5/2014 – Ajout d’une recette de GROMACS pour coprocesseur Intel® Xeon Phi™
15/5/2014 – Ajout d’une recette de modèle de tarification binomial des options
14/4/2014 – Ajout de recette pour le banc d'essai Hogbom Clean
20/3/2014 – Ajout d’une recette d’exécution WRF avec banc d’essais conus2.5km en mode symétrique

Code (dans l’ordre alphabétique) Segment Où télécharger Recette d’installation (le cas échéant)

Amber

Amber est le nom collectif d’une suite de programmes permettant aux utilisateurs de réaliser des simulations de dynamique moléculaire

Biomolécules Amber 14 Suivez cette recette de création et d’exécution

Formule Black-Scholes-Merton sur le coprocesseur Intel® Xeon Phi™

 

Finances Télécharger le code source Suivez cette recette

BLAST

L’algorithme NCBI BLAST et la suite d’applications associée, est utilisé de manière étendue dans le domaine de la bioinformatique

Bioinformatique Télécharger le code source Suivez cette recette

BOPM (modèle de tarification binomial des options)

Le modèle BOPM est une méthode numérique généralisée utilisée pour évaluer les options dans l’industrie des services financiers quantitatifs

Services financiers BOPM Suivez cette recette de création et d’exécution

BWA* ALN 0.5.10 pour coprocesseurs Intel® Xeon Phi™

BWA* est un progiciel permettant de réaliser le mappage de séquences à faible divergence sur un grand génome de référence.

Bioinformatique BWA* Suivez cette recette de création et d’exécution

Embree

Embree est une collection de noyaux de traçage de rayons hautes performances, optimisés pour créer des rendus réalistes de qualité photographique sur les derniers processeurs Intel®

Traçage de rayons Téléchargement de code source Suivez cette recette

GEMM, STREAM, Linpack

GEMM et Linpack réalisent tous les deux des opérations à matrice dense de base visant à améliorer les performances en virgule flottante sur le coprocesseur. STREAM est un test de largeur de bande mémoire visant à améliorer les performances de la mémoire GDDR.

Enseignement Ces bancs d’essai peuvent être obtenus en téléchargeant Intel® MPSS (Intel® Manycore Platform Software Stack) – Ils sont inclus dans les kits de performance, dont l’installation est facultative, qui placent les bancs d’essai et la documentation associé dans /opt/intel/mic/perf pour la version 2.x de MPSS ou /usr/share/micperf pour la version 3.1.* de MPSS.

Utilisateurs d’Intel® MPSS 2.1 : Suivez les directives du Chapitre 5 du fichier Readme d’Intel® MPSS concernant l’installation et la configuration.

Utilisateurs d’Intel® MPSS 3.1 : Suivez les directives du Chapitre 4 du MPSS_Users_Guide concernant l’installation et la configuration.

Pour STREAM, si vous préférez télécharger la source vous-même, la recette de compilation et d’optimisation se trouve ici

GROMACS pour coprocesseur Intel® Xeon Phi™

GROMACS est un ensemble polyvalent permettant de réaliser des calculs de dynamique moléculaire en utilisant des équations de mouvement newtoniennes.

Simulations chimiques GROMACS Suivez cette recette de création et d’exécution

GTC-P (Gyrokinetic Toroidal Code - Princeton)

Le code GTC (gyrokinetic toroidal code) est un code PIC (particle-in-cell) massivement parallèle de simulation de turbulences soutenant l’expérience du plasma en combustion, l’étape suivante essentielle de la recherche sur la production d’énergie par fusion nucléaire. Il s’agit d’une version de décomposition de domaine 2D du code PIC GTC global pour l’étude du transport dans les cœurs microturbulents.

Université Soumettez une demande de code ici.

Suivez les instructions qui se trouvent ici pour la création et l’exécution

HBM pour le coprocesseur Intel® Xeon Phi™

 

Prévisions océanographiques Demandes d’e-mail MoU : Per Berg ou Jacob Weismann Poulsen Suivez cette recette

Banc d'essai Hogbom Clean

Banc d’essais qui met en œuvre le noyau de l’algorithme de déconvolution Hogbom Clean. Fait partie de l’ensemble de bancs d’essais ASKAP, utilisé pour tester les plates-formes du processeur de données scientifiques ASKAP (Australian SKA Pathfinder).

Astronomie, enseignement universitaire

GitHub

Voir cette recette pour la configuration et la compilation

LAMMPS* pour coprocesseur Intel® Xeon Phi™

Le code LAMMPS* (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) est un code de calcul classique de dynamique moléculaire.

Dynamique moléculaire LAMMPS Suivez cette recette de création et d’exécution

LBS3D

Outils de simulation d’écoulements multiphasiques basée sur la méthode d’énergie libre LBM (Lattice Boltzmann Method), importants pour la mécanique des fluides numérique. Le code autorise la simulation d’écoulements à deux phases quasi incompressibles et utilise des modèles multiphasiques autorisant des rapports de densité élevés.

Fabrication mplabs

Suivez les instructions de compilation ici

(Reportez-vous également au livre blanc)

Mantevo MiniFE

Mini-application indépendante et autonome qui encapsule les caractéristiques de performance les plus importantes (génération, assemblage, solution) d’une application utilisant une analyse par la méthode des éléments finis implicite en code C++. Le domaine physique est une boîte tridimensionnelle modélisée par des éléments hexaédraux (parfois appelés « briques »). La boîte est discrétisée comme une grille structurée mais traitée comme non structurée. Le domaine est décomposé pour l’exécution parallèle en utilisant une bissection de coordonnées récursive (RCB).

Enseignement mantevo.org > Télécharger

Suivez les directives de cette étude de cas MiniFE pour comprendre quelles balises/options utiliser pour exécuter MiniFE sur l’hôte, le coprocesseur ou les deux

Mathworks* MATLAB*

Programme interactif qui réalise des calculs et des visualisations mathématiques

Traitement des signaux et communications, création de contenu numérique, services financiers, biologie computationnelle mathworks.com

Reportez-vous à cette recette pour savoir comment l’utiliser à l’aide des fonctionnalités de délestage automatique de la bibliothèque Intel® Math Kernel Library

miniGhost

miniGhost est une mini-application de différence finie qui implémente un schéma de différence sur la totalité d’un domaine tridimensionnel homogène.

Algorithmes scientifiques Télécharger le code

Suivez cette recette

Monte Carlo European Option avec nombres aléatoires générés préalablement

 

Finances Télécharger le code source Suivez cette recette

Tarif Monte Carlo European Option avec interface RNG pour coprocesseur Intel® Xeon Phi™

Échantillonnage statistique Télécharger le code

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MPI-HMMER

Une version de HMMER, un modèle de Markov caché pour l’analyse des séquences de protéines. Dans cette version, deux routines, hmmsearch et hmmpfam, ont été modifiées pour utiliser MPI pour le parallélisme.

Enseignement

https://code.google.com
/p/mpihmmer/

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NAMD

NAMD est un code parallèle de dynamique moléculaire conçu pour les simulations hautes performances de grands systèmes biomoléculaires

Dynamique moléculaire NAMD Suivez cette recette de création et d’exécution

NOAA NIM avec prise en charge du coprocesseur Intel® Xeon Phi™

Climat et météo NOAA/ESRL Suivez cette recette

NWChem fournit des outils de chimie computationnelle adaptables

Chimie computationnelle NWChem Suivez cette recette

Quantum ESPRESSO* pour coprocesseur Intel® Xeon Phi™

Quantum ESPRESSO est une suite intégrée de codes informatiques Open Source pour le calcul de structure de bande électronique et la modélisation de matières à l’échelle nanométrique.

Modélisation des matières

Quantum ESPRESSO*

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SHOC

La suite de bancs d’essai Scalable Heterogeneous Computing (SHOC GitHub) peut être utilisée pour mesurer les performances et la stabilité de systèmes basés sur un coprocesseur. Le banc d’essai a été porté en vue de prendre en charge Intel® Xeon Phi™ en utilisant des structures de programmation de délestage implémentées dans le compilateur Intel® disponible dans le cadre du kit Intel® Composer XE 2013.

Enseignement

GitHub

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WRF

Le modèle WRF (Weather Research and Forecasting) est un système de prévision météorologique numérique conçu pour répondre aux besoins de la recherche atmosphérique et de la prévision opérationnelle. Le modèle WRF est utilisé par des scientifiques spécialistes de l’atmosphère dans le cadre universitaire, des équipes de prévision de centres opérationnels, des scientifiques spécialistes des applications, etc. Reportez-vous à http://www.wrf-model.org/index.php pour davantage d’informations sur le modèle WRF.

Météorologie, enseignement Page des utilisateurs du modèle WRF

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Reportez-vous à cette recette pour exécuter le banc d’essais conus2.5km en mode symétrique

Pour de plus amples informations sur les optimisations de compilation, consultez notre Avertissement concernant les optimisations.